Debido al gobierno que imperaba en nuestro país en 1841, Yucatán, en ese momento, también integrado por Campeche, Quintana Roo y Tabasco, rompió relaciones con México y se erigió como República Libre e Independiente de la nación mexicana.
El conflicto que provocó la ruptura entre el gobierno centralista (1840-1843) y los estados se desencadenó debido a que el presidente tenía la facultad de designar gobernadores y tomar decisiones en cada una de las entidades.
Fue así que en 1841, la Cámara de Diputados local aprobó el acta de independencia de la Península, donde se estableció que “el pueblo de Yucatán, en pleno uso de su soberanía se erigía en República Libre e Independiente de la nación mexicana”.
De acuerdo con datos del Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (Inafed), el gobierno de México no aceptó la independencia de Yucatán y envió a una avanzada militar para enfrentar a los separatistas.
Para 1845 los convenios para que Yucatán se reintegrara a México fueron suprimidos y el 1 de enero de 1846, la Asamblea Legislativa de Yucatán declaró, de nueva cuenta, la independencia de la Península.
El segundo periodo independiente de Yucatán fue breve debido a la crisis generada por la Guerra de Castas entre mayas y mestizos, lo que obligó al gobierno yucateco a solicitar ayuda militar a México, a cambio de su reincorporación a nuestro país.